No Brasil, os baixos índices de coleta e tratamento de esgoto sanitário e a necessidade de alcançar a segurança hídrica são considerados prioridade nas legislações sobre saúde e infraestrutura. Mais de 53% da população brasileira não tem acesso a coleta e tratamento de esgotos nas cidades, principalmente os mais pobres. Há dependência de recursos públicos para investimentos e os dados sobre a cobertura de água e esgotos têm inconsistências. Considerando também a crise fiscal que afeta o país, três importantes aspectos podem ajudar a definir a priorização dos recursos da União, que são discutidos neste artigo: i) a necessidade de reduzir o déficit de abastecimento de água tratada e de esgotamento sanitário entre as regiões e entre municípios; ii) o foco do investimento público para a população mais carente (periferias, favelas, zona rural); iii) o aperfeiçoamento de dados e critérios para orientar a alocação dos recursos públicos. Assim, este artigo tem o objetivo de apresentar critérios metodológicos para alocação de recursos públicos nos municípios com os maiores déficits no Brasil sobre a cobertura dos serviços de água e esgotos. Utiliza-se o método de clusterização hierárquico e técnicas estatísticas para classificar os dados, unindo-os pelas semelhanças.  Entre os principais resultados do trabalho destaca-se a necessidade de priorizar mais de 2 mil municípios. O artigo destaca também as informações de casos e óbitos confirmados pelo Covid-19 nos municípios identificados como prioritários no estudo, salientando o impacto da epidemia em regiões com maior carência de infraestrutura.